Questa chiesa fu originariamente costruita sui ruderi di una precedente struttura francescana, eretta durante il papato di Paolo V nel 1610. Successivamente, per ordine di Papa Clemente XIV, l'edificio fu completamente rinnovato, con i lavori affidati all'architetto Francesco Navone. La ricostruzione fu completata nel 1782, sotto il pontificato di Papa Pio VI, e la chiesa fu elevata a Cattedrale nel 1805.

Durante la Seconda Guerra Mondiale, nel 1943, la chiesa subì gravi danni a causa dei bombardamenti. Tuttavia, fu completamente restaurata nel 1950, seguendo il progetto dell'architetto Plinio Marconi.

La chiesa si distingue per la sua struttura mononavata. Presenta una facciata barocca imponente su due livelli in stile ionico, con un ingresso centrale e un'ampia scalinata. Non ha un transetto e la sua parte posteriore è semplice e senza decorazioni. All'interno, in una cappella sul lato destro, è custodita una Natività, ritenuta opera degli allievi del Domenichino. Due grandi sculture raffiguranti la Fede e la Giustizia, realizzate da Pietro De Laurentiis, adornano il timpano, sotto il quale si trova un affresco di Antonio Nessi raffigurante San Francesco che riceve le Stimmate. L'interno della chiesa ospita anche un organo a canne, realizzato dalla Fabbrica Artigiana Organi Pinchi di Foligno. Questo strumento è stato restaurato e ampliato dalla stessa ditta nell'autunno del 2019.