Questa chiesa, insieme alla Chiesa di Santa Maria dell'Orazione, è tra le più antiche della città. La Chiesa della Stella è nota per essere la sede dell'Arciconfraternita del Gonfalone, fondata da San Bonaventura nel 1274. Secondo la tradizione, San Bonaventura, prima di partire per Lione, passò per Civitavecchia e fondò questa confraternita per rispondere alle richieste dei fedeli. Durante i tumulti a Roma nel 1354, la Confraternita giocò un ruolo fondamentale nel riportare la pace, agendo in nome della Vergine Maria. La Santa Croce divenne il simbolo della confraternita, rappresentando la pace e la giustizia. Nel 1688, l'edificio fu ampliato, abbellito e arricchito di opere d'arte e oggetti sacri, grazie al loro impegno e sostegno finanziario.

All'interno della chiesa si possono ammirare numerose opere d'arte, tra cui una pregiata statua in legno della Vergine Maria, dipinti come "L'Adorazione del Bambino Gesù" e "Il Cristo Tra Due Santi", e il tabernacolo sopra l'altare che custodisce la statua della Madonna delle Grazie. Quest'ultima è protagonista di una solenne processione ogni 8 settembre, percorrendo le vie del centro e il porto storico. Gli affreschi del pittore locale Ennio Galice del XX secolo adornano le pareti laterali e la volta della chiesa. Da non perdere è anche il crocifisso ligneo del Cristo Morto.

Un evento di particolare rilievo è la Processione del Cristo Morto, che si svolge annualmente il Venerdì Santo. In questa antica tradizione, la Statua del Cristo Morto viene trasportata per le strade di Civitavecchia su un carro decorato e illuminato dai membri dell'Arciconfraternita del Gonfalone, vestiti con saio bianco e con il volto coperto. Questa processione è un momento di profonda devozione e tradizione religiosa nella comunità di Civitavecchia.