Fu menzionata per la prima volta in una bolla papale di Papa Martino V nel 1421. L'anno successivo, nel 1422, la gestione della chiesa passò ai Padri Domenicani. Un momento significativo nella storia della chiesa fu la costruzione, nel 1638, di una cappella dedicata a Santa Fermina, patrona di Civitavecchia, e l'arrivo nel 1647 delle sue reliquie, donate alla città. Nel 184, la chiesa divenne l'unica parrocchiale di Civitavecchia, ricevendo di conseguenza il titolo di Chiesa Matrice. Tuttavia, la Seconda Guerra Mondiale portò devastazioni irreparabili: durante i conflitti del 1943-44, la chiesa fu completamente distrutta e non venne mai ricostruita.